Archéologue protohistorien, Jean Guilaine est entré en 1994 au Collège de France où il a occupé jusqu'en 2007 la chaire " Civilisations de l'Europe au Néolithique et à l'Age du bronze ", la première de cet établissement consacrée à cette discipline. Il dirigeait auparavant le Centre d'Anthropologie du CNRS à Toulouse. Depuis 1978, il est directeur d'études à l'Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales.
Homme de terrain, il a conduit des recherches dans plusieurs pays méditerranéens : Chypre, Italie, France, Andorre, Espagne. Sa réflexion théorique porte sur les processus d'émergence des premières communautés paysannes, les adaptations humaines aux contraintes de l'environnement, la diversité culturelle, la constitution et l'évolution des sociétés complexes protohistoriques. Un fil conducteur parcourt son œuvre : l'histoire s'enracine dans le Néolithique.
Grand Prix de l'Archéologie du ministère de la Culture (1985), docteur honoris causa de l'université de Barcelone, Jean Guilaine préside la commission du Néolithique de l'Union Internationale des Sciences Préhistoriques et Protohistoriques.